Los jugadores se meten en el papel de los tripulantes de un barco pirata… en una situación harto complicada. Son tan vagos que el capitán del navío ha decidido deshacerse de todos menos de dos. Solo dos piratas ganadores sobre la cubierta. Para mantenerse en el barco, los jugadores/piratas tendrán que luchar entre ellos para ser los únicos que permanezcan en el barco.
Sobre la mesa, Piratas al Agua se desarrolla mediante un cúmulo de mecánicas que incluyen programación de movimientos, selección de acciones simultáneas y en secreto e incluso eliminación de jugadores… En términos de juego, los jugadores van organizando en secreto sus acciones para luego ir jugándolas. Al final de la partida quedarán sobre la cubierta del barco solo dos piratas, que se convertirán en los ganadores de la partida.